സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി മൂന്നാംവട്ടവും കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ സിപിഐഎം സംസ്ഥാന സമ്മേളനം ഐക്യകണ്ഠേന തെരഞ്ഞെടുത്തു. ആരോഗ്യ പ്രശ്നങ്ങള് ഉണ്ടെങ്കിലും അവയെ അതിജീവിച്ച് പാര്ട്ടിയെ നയിക്കാന് കോടിയേരിക്ക് കഴിയുമെന്നതും നിലവിലെ രാഷ്ട്രീയ സാഹചര്യത്തില് പുതിയ ഒരാളെ ആ സ്ഥാനത്തേക്ക് എത്തിക്കുന്നത് പാര്ട്ടി പ്രവര്ത്തനങ്ങളെയും ഏറ്റെടുത്ത ക്യാമ്പയിനുകളെയും ബാധിക്കുമെന്നതിനാലുമാണ് കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി ഈ തീരുമാനത്തിലേക്ക് എത്തിയത്.2015ല് ആലപ്പുഴയില് നടന്ന സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിലാണ് അന്നത്തെ സെക്രട്ടറി പിണറായി വിജയന് പകരമായി ആ സ്ഥാനത്തേക്ക് കോടിയേരിയെ സംസ്ഥാന സമ്മേളനം തെരഞ്ഞെടുത്തത്. 2018ല് തൃശൂരില് നടന്ന സമ്മേളനത്തിലും കോടിയേരി തന്നെ തുടരുകയായിരുന്നു. ഒരാള്ക്ക് മൂന്ന് ടേം വരെ സെക്രട്ടറിയായി ചുമതല വഹിക്കാം എന്നതിനാലാണ് കോടിയേരിയെ സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് തുടരാന് പാര്ട്ടി അനുവദിച്ചത്.കെഎസ്എഫില് തുടങ്ങിയ രാഷ്ട്രീയ ജീവിതംകോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് 17-ാം വയസിലാണ് സിപിഎമ്മില് പൂര്ണ അംഗത്വം ലഭിച്ച് പാര്ട്ടി മെമ്പര് ആവുന്നത്. 1970ല് എസ്എഫ്ഐയുടെ ആദ്യ രൂപമായ കെഎസ്എഫിന്റെ നേതൃനിരയില് പ്രവര്ത്തിക്കവെയാണ് സിപിഎം ബ്രാഞ്ച് സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്നത്.പിന്നീട് 1973ല് ലോക്കല് സെക്രട്ടറിയായും അതേ വര്ഷം തന്നെ എസ്എഫ്ഐയുടെ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായും തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. പിന്നീട് അഖിലേന്ത്യ ജോയിന്റ് സെക്രട്ടറി, പ്രസിഡന്റ് എന്നീ നിലകളിലും പ്രവര്ത്തിച്ചു. പിന്നീട് 1980-1982 സംഘടന വര്ഷങ്ങളില് ഡിവൈഎഫ്ഐയുടെ കണ്ണൂര് ജില്ല പ്രസിഡന്റായും യുവജന രംഗത്ത് പ്രവര്ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. 1988ല് ആലപ്പുഴയില് വച്ചു നടന്ന സിപിഎം സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിലാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ പാര്ട്ടിയുടെ സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിയിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുത്തത്. പിന്നീട് 1990 മുതല് 1995 വരെ കണ്ണൂര് ജില്ല സെക്രട്ടറിയായും പ്രവര്ത്തിച്ചു. 1995ല് കൊല്ലത്ത് നടന്ന സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിലാണ് സംസ്ഥാന സെക്രട്ടേറിയേറ്റിലേക്കുള്ള സ്ഥാനാരോഹണം. 2002ല് ഹൈദരാബാദില് വെച്ചു നടന്ന സിപിഎം പാര്ട്ടി കോണ്ഗ്രസില് കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റിയിലേക്കും 2008ല് കോയമ്പത്തൂരില് നടന്ന പാര്ട്ടി കോണ്ഗ്രസില് സിപിഎമ്മിന്റെ പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയിലേക്കും തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 2006ല് വി.എസ്.അച്യുതാനന്ദന് മന്ത്രിസഭയില് ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് മന്ത്രിയായും പ്രവര്ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. 2001ലും 2011ലും കേരള നിയമസഭയില് പ്രതിപക്ഷ ഉപനേതാവായും കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് പ്രവര്ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്.