കെ.ടി.യു താത്ക്കാലിക വി.സി നിയമനത്തില് ചാന്സലര്ക്കെതിരെ ചോദ്യങ്ങളുമായി ഹൈക്കോടതി. താത്ക്കാലിക വൈസ് ചാന്സലറായി സിസ തോമസിനെ എങ്ങനെ കണ്ടെത്തിയെന്ന് ഹൈക്കോടതി ചോദിച്ചു. ഡോ.സിസ തോമസിന്റെ പേര് ആരാണ് നിര്ദേശിച്ചതെന്ന് ചാന്സലറോടായിരുന്നു കോടതിയുടെ ചോദ്യം. അങ്ങനെ ആരെയെങ്കിലും നിയമിക്കാനാകില്ല. കൂടിയാലോചനയില്ലാതെ നിയമനം നടത്താനാകുമോ എന്നും പ്രോ വി.സിയെ നിയമിക്കാന് ലഭ്യമായിരുന്നോ എന്നും ഹൈക്കോടതി ചോദിച്ചു.
താത്ക്കാലിക വി.സി നിയമനം മാനദണ്ഡങ്ങള് പാലിക്കാതെയാണെന്ന് സര്ക്കാര് ഹൈക്കോടതിയെ അറിയിച്ചു. വി.സി നിയമനത്തില് കൂടിയാലോചന നടത്തിയില്ലെന്ന് ഗവര്ണര്ക്കെതിരെ സര്ക്കാര് കോടതിയില് വാദിച്ചു. പ്രോ വിസിയെ നിയമിക്കാന് തടസമുണ്ടായിരുന്നില്ല.
അതേസമയം സര്ക്കാര് ശുപാര്ശ ചെയ്തവര് വി.സിയുടെ ചുമതല നിര്വഹിക്കാന് അയോഗ്യരാണെന്ന് ചാന്സലര് ഹൈക്കോടതിയെ അറിയിച്ചു. ഡിജിറ്റല് യൂണിവേഴ്സിറ്റി വൈസ് ചാന്സലറുടെ നിയമനം സംശയത്തിലാണ്. ഡിജിറ്റല് വി.സിക്ക് ചുമതല നല്കാനാകില്ല. അക്കാദമിഷ്യന് തന്നെയാകണം വി.സി. അതിനാല് സ്വന്തം നിലയില് മുന്നോട്ട് പോയെന്നും ചാന്സലര് വാദിച്ചു.
നിയമനത്തില് അപാകതയില്ലെന്ന് ഗവര്ണര് നേരത്തെ വിശദീകരണം നല്കിയിരുന്നു. കെ.ടി.യു താല്ക്കാലിക വി.സിയായി ഡോ. സിസ തോമസിനെ നിയമിച്ചതില് അപാകതയില്ലെന്നും സര്ക്കാര് ശുപാര്ശ ചെയ്തവരെ യു.ജി.സി നിയമ പ്രകാരം നിയമിക്കുവാന് സാധിക്കില്ലെന്നുമായിരുന്നു ഗവര്ണറുടെ വിശദീകരണം. സര്ക്കാര് ശുപാര്ശ ചെയ്തത് പ്രോ വി.സി, ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ സെക്രട്ടറി എന്നിവരുടെ പേരുകളാണ്. ഈ രണ്ടു പേരെയും സുപ്രിം കോടതി വിധിയും യു.ജി.സി ചട്ടപ്രകാരവും വി.സിയായി നിയമിക്കാനാകില്ല. കെ .ടി.യു താല്ക്കലിക വി.സിയായി സിസ തോമസിന് അധിക ചുമതല നല്കുകയായിരുന്നു.
അതേസമയം സാങ്കേതിക സര്വകലാശാല നിയമപ്രകാരം വി.സി നിയമനത്തില് സര്ക്കാരിന് പേരുകള് ശുപാര്ശ ചെയ്യാന് അധികാരമുണ്ട്. ഇത് മറികടന്നാണ് സിസ തോമസിന്റെ നിയമനം നടത്തിയതെന്ന് സര്ക്കാര് രേഖാമൂലം കോടതിയെ അറിയിച്ചിട്ടുണ്ട്. സര്വകലാശാല നിയമപ്രകാരം താല്ക്കാലിക വി.സിയായി പ്രോ.വിസിയെയും, ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ സെക്രട്ടറിയേയും പരിഗണിക്കാനാകുമെന്നും സര്ക്കാര് വാദിക്കുന്നു. ചാന്സലറായ ഗവര്ണറുടെ ഉത്തരവിനെതിരെ സര്ക്കാരിന് ഹര്ജി നല്കാനാകില്ലെന്നും മതിയായ യോഗ്യത തനിക്കുണ്ടെന്നും സിസ തോമസും കോടതിയെ അറിയിച്ചിരുന്നു.